La Lagoa de Fogo, occupe la grande chaudière du volcan de feu endormi. Ce volcan forme le grand massif volcanique de la Serra de Água de Pau, situé au centre de l’île de São Miguel. Toute cette zone est entourée d’une végétation endémique dense et luxuriante.
Ce cratére volcanique, tout comme le volcan qui l’a donne sa forme est le plus jeune de l’île de são miguel et aura été formé il y a environ 15 000 ans. Sa configuration actuelle est le résultat du dernier effondrement, considéré comme important et qui s’est produit au sommet du volcan, il y a environ 5 000 ans. La dernière éruption date de 1563.
Cette lagune est également la plus haute de l’île de São Miguel, un fait qui devrait se trouver au sommet d’une montagne dont le point culminant culmine à 949 mètres. Il est situé au sommet du grand volcan, également connu sous le nom de volcan d’eau de bâton. La chaudière en forme d’effondrement a une forme elliptique et des dimensions d’environ 3 x 2,5 km. Les parois de cette chaudière peuvent atteindre des dénivelés de 300 mètres.
Le lagon, en raison d’être au centre du cratère, est situé à un niveau beaucoup plus bas, à 575 mètres. La profondeur maximale atteinte dans ce lagon est de 30 mètres. Dans tout le périmètre de la réserve naturelle, le lagon, le cratère et les pentes de celui-ci, il existe de nombreuses espèces de plantes endémiques aux Açores: est le cas du cèdre de la brousse (Juniperus brevifolia), laurier (Laurus azorica) et peu de sang (Frangula azorica). Il y a aussi la malfurada (Hypericum foliosum), la bruyère (Erica azorica) et le trovisco-macho (Euphorbia Stygiana).